Die KJG ist durch und durch demokratisch strukturiert: Die Mitglieder überall vor Ort schließen sich zu Gruppen zusammen, meist in einer Pfarrei. Sie wählen in einer Mitgliedervollversammlung eine Leitung, die sie u.a. in der Bezirks- oder Regionalebene vertritt.

Die Bezirke oder Regionen bilden dann den Diözesanverband und die Diözesanverbände den Bundesverband. Einige regional angrenzende Diözesanverbände haben sich zudem zu Landesarbeitsgemeinschaften (LAG) zusammengeschlossen.